Licenciado en Economía por la UCA, El Salvador.  Cuenta con maestría de letras en Historia por la Universidad de Oxford, EE.UU., doctor en Historia por Universidad de Leiden, Holanda.  Es profesor en la Universidad ESEADE y Universidad Torcuato di Tella ambas en Buenos Aires, Argentina. Ha obtenido las siguientes distinciones: Claude Lambe Fellowship (1990); Fortabat Fellow en la Universidad de Harvard (1999); Guggenheim Fellow (2000).

Juan Carlos cuenta con varias publicaciones de artículos en revistas sobre Historia Económica y Desarrollo, entre estas, Journal of Economic History, Explorations in Economic History, Desarrollo Económico, Revista de Historia Económica, Hispanic American Historical Review, y Journal of Latin American Studies.