Es licenciado en Arqueología por la Universidad de San Carlos de Guatemala, realizó estudios generales de Geología en el CESEM; de ingeniería ambiental y un diplomado en Métodos y Técnicas de Investigación Científica en la Facultad de Ingeniería de esa misma casa de estudios. Trabajó en los proyectos arqueológicos Petexbatún,  Ri Chay, Atlas Arqueológico de Guatemala, y en muchos otros proyectos arqueológicos. También, laboró en el Instituto de Antropología e Historia, y fue miembro del Consejo Consultivo, Área de Arqueología, Escuela de Historia, Universidad de San Carlos de Guatemala. Héctor Mejía cuenta con varias publicaciones sobre investigaciones realizadas en el campo arqueológico.