Es endocrinólogo, fundador de la clínica Dr. Juan Pablo Godoy. Fue médico internista en el Ministerio de Salud de Guatemala y en el Instituto Guatemalteco de Seguridad Social. También fue residente de endocrinología en el Instituto Nacional de Ciencias Médicas y Nutrición Salvador Zubirán.

Es Médico y Cirujano por la Universidad de San Carlos de Guatemala. Realizó su especialidad en Medicina Interna en el Hospital General San Juan de Dios, donde obtuvo la distinción académica Magna Cum Laude. Además, cuenta con un posgrado en Endocrinología y una alta especialidad en  Neuroendocrinología, ambos obtenidos en el Instituto Nacional de Ciencias Médicas y Nutrición Salvador Zubirán en México.