La Universidad Francisco Marroquín esta ubicada dentro de un ambiente agradable en donde conviven en armonía seres humanos y naturaleza. Para la construcción de los edificios se tomó en consideración la importancia de conservar el bosque y las condiciones del terreno. Desde el año 2003, en la UFM se está desarrollando el proyecto Arboretum que tiene como objetivo conservar el ecosistema del área. Con la colaboración de instituciones, especialistas, estudiantes y personas en general se ha iniciado una clasificación de distintas especies de plantas y animales que habitan dentro del campus. La página del Arboretum, ganadora del premio Arroba de Oro, ofrece también actividades interactivas para niños, noticias y más.